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総合研究センター（遺伝子実験施設）では、学長裁量経費の補助を受けてイルミナ社製次世代DNAシークエンサー MiSeq を導入し運用を開始しました。これまで稼働してきましたRoche GS Juniorと比較しまして大幅にスペックが向上しており、アプリケーションによっては高等生物を対象とする解析も可能ですので、どうぞご活用ください。
リード長 ： 300 bp×２ （最大）
リード数 ： 1,200万〜2,500万 リード/ラン
トータル ： 540 Mbp〜15 Gbp /ラン
主な適用例
主な適用例としまして、下記のような事例が挙げられます。詳細についてはお問い合わせください。・ 微生物（細菌、ウイルス、カビ）など、比較的ゲノムサイズの小さい生物のde novoドラフトゲノムシークエンス
・ ホールゲノムやキャプチャーしたターゲット領域のリシークエンス（ゲノムサイズの大きい生物でも可能）
・ メタゲノム解析
・ アンプリコン（PCR産物）のクローナルシークエンス（SNPs）
・ 遺伝子発現解析（mRNA） （ゲノムサイズの小さい生物）
・ small RNA解析
解析方法について
MiSeqはさまざまな生物種由来の多様な核酸の解析に適応しています。MiSeqにおけるDNAシークエンス解析の一般的なワークフローは下記のとおりです。
（１） ユーザーの希望（生物種、DNA or RNA、解析手法）に応じた実験計画の立案
→ 必要なデータ量の算出、使用するキット類の確定
（２） ライブラリDNAの調製（精製・断片化・アダプター付加など）、チェック
→ バイオアナライザーによる「質」のチェック
→ qPCR、蛍光試薬による「量」のチェック
（３） MiSeqによるシークエンス解析ラン
（４） 解析手法に応じたランデータの二次解析（バイオインフォマティクス）MiSeqの利用を希望する場合には、まず（１）について遺伝子実験施設教員にご相談ください（メール：sequence@kochi-u.ac.jp、電話：大西（内線：5213）・加藤（内線：5108））。（２）および（３）に必要な試薬について検討します。（２）に必要な試薬キットの一部は遺伝子実験施設で保有していますが、それ以外の場合は、各自で購入していただきます。ただし、注文は遺伝子実験施設が行います。イルミナの試薬は国内在庫がありませんので、発注後米国からの取り寄せとなり納品まで最低２週間かかります。時間に余裕をもって実験計画を立ててください。（２）については、ライブラリDNAの調製を各自で行い、遺伝子実験施設まで持参ください。遺伝子実験施設でライブラリDNAの質と量をチェックします。（３）のMiSeqによるシークエンス解析ランは遺伝子実験施設で行います。また、（４）の解析データにつきましてはシステム搭載のソフトウェアにて処理を行いますが、追加の二次解析等が必要な場合には各自にてご対応ください。
解析料金は、実験ごとに変わりますので、（１）の段階で決定されます。（２）の試薬を各自で購入される場合には、伝票をお回ししますが、それ以外については、実費を学内振替によりご負担ください。なお、解析を依頼をされる場合には、下記の利用規約に同意いただいたものとさせていただきますので、ご一読下さい。
